De joden vormden geen serieuze dreiging voor de Islamitische Staat. Wat zorgde voor grote dreigingen voor zijn (saw) autoriteit waren de Arabieren in het algemeen en specifiek de Qoeraisj. Daarom tekende hij (saw) verdragen met de joden welke stipuleerden dat zij zich onderwierpen aan zijn (saw) autoriteit en dat ze niet een alliantie zullen vormen met één van zijn (saw) vijanden. Hoewel de joden zagen dat de Islamitische Staat sterker werd met de dag en de autoriteit van de moslims zich uitbreidde, begonnen ze de moslims te onteren en te beledigen. Ze begonnen nog meer op hun hoede te raken na de grote overwinning van de moslims op de Qoeraisj in de Slag van Badr, wat hun de moslims nog meer deed bespotten en ze begonnen te complotteren tegen de Boodschapper van Allah (saw).
Het nieuws bereikte de Boodschapper van Allah (saw) en de moslims over het kwaad waar de joden zich aan vuil wilden maken. Dit leidde tot vijandigheid en haat tussen de moslims en de joden en vervolgens begonnen beide kampen te wachten op elkanders acties. De arrogantie van de joden begon toe te nemen. Aboe ‘Afak, één van de Banoe ‘Oemar ibn ‘Auf, zou gedichten reciteren waarin Moehammad (saw) en de moslims werden beledigd; ‘Asma’ bint Marwan bespotte Islam en spotte met Allah’s Boodschapper (saw); Ka’ab ibn al Ashraf zou moslim vrouwen onderscheppen en intimiderende taal jegens hen uitspreken en hij reisde naar Mekka om beledigende gedichten te reciteren over Allah’s Boodschapper (saw). De moslims konden het niet langer verdagen, ze doodden hen in de hoop dat dit de joden deed afschrikken. Ondanks dit intensiveerden de joden hun campagne van haat en intimidatie.
De Boodschapper van Allah (saw) waarschuwde hen voor de consequenties als ze niet zouden stoppen met het beledigen en het pijnigen van de moslims, maar de joden namen zijn (saw) waarschuwing niet serieus en ze reageerden arrogant jegens hem (saw) met de volgende berisping: “Oh Moehammad! Jij schijnt te denken dat we jouw mensen zijn. Bedrieg jezelf niet want jij confronteerde een volk met geen kennis van oorlog en maakte daar misbruik van, want bij Allah als we jou bevechten zul je echte mannen zien.”
Op dit punt had de Boodschapper van Allah (saw) geen keus behalve om te vechten tegen de joden van Medina. De moslims gingen naar Banoe Qaynoeqa’ en vielen hen aan in hun thuisfront voor vijftien dagen waarbij ze niemand toestonden erin of eruit te gaan, waardoor hen werd voorkomen enig voedsel te nemen. De joden hadden geen keus behalve zich te onderwerpen aan de autoriteit en het regeren van Moehammad (saw). Hij (saw) stond hen toe met zijn (saw) genade om uit Medina te evacueren met hun bezittingen. Ze deden dit en gingen uit de stad totdat ze Wadi al Qoera bereikten waar ze een tijd verbleven. Daarna reisden ze verder noordwaarts totdat ze Adhra’at bereikten op de grens van asj Sjaam. Met hun uitwijzing was de ruggengraat van de joden gebroken en degenen die bleven, onderwierpen zich aan de moslims uit vrees voor represailles. Wanneer ze weer op krachten kwamen, keerden ze terug naar hun oude gewoonten. Hun haat rees weer op na het verlies van de moslims in de slag van Oehoed. Ze begonnen te complotteren tegen de Boodschapper van Allah (saw) en uiteindelijk spanden ze samen om hem te willen doden.
De Boodschapper van Allah (saw) bemerkte hun slechte intenties op dus besloot hij (saw) het initiatief te nemen om op de hoogte te blijven van hun plan. Op een dag ging hij (saw) samen met tien van zijn (saw) sahabah waaronder Aboe Bakr, ‘Oemar en ‘Ali naar Banoe Nadir voor zaken. De joden spraken hun onoprechte blijdschap uit en goede wil jegens Allah’s Boodschapper (saw) . Hij (saw) echter, voelde al snel dat ze iets van plan waren. Eén van de joden ging naar een kant, een ander was gezien terwijl hij een huis binnen ging waar de Boodschapper van Allah (saw) zat. Hun verraad vrezende stond hij (saw) op van zijn positie en vertrok meteen, implicerende dat hij (saw) terug zou komen en vroeg alleen nog aan zijn (saw) sahabah of ze wilden wachten totdat hij (saw) zou terugkeren.
De joden wisten niet wat ze moesten doen en begonnen verward te raken, want ze probeerden een verzoenende atmosfeer te creëren met de moslims. De sahabah wachtten een tijdje en daarna besloten ze om buiten te gaan zoeken naar Allah’s Boodschapper (saw). Ze vonden hem (saw) in de masdjid in Medina en waren geïnformeerd over het verraad van de joden door de Profeet (saw). Hierbij zond de Profeet (saw) Moehammad ibn Maslama terug naar Banoe Nadir met het bevel aan hen om het land te verlaten. Banoe Nadir was tien dagen gegeven om deze bevelen op te volgen daarna belegerden ze hen totdat ze de hoop opgaven en vertrokken. Sommige van hen stopten bij Khaybar en anderen gingen door totdat ze Adhra’at in asj Sjaam bereikten.
Medina was op die manier vrij van het joodse kwaad en alleen één grote joodse stam, Banoe Qoerayda, bleef over. Omdat ze hun verdrag niet overtraden bemoeide Allah’s Boodschapper zich niet met hen.
Deze kwestie was slechts tijdelijk. Want Banoe Qoeraydah was getuigen van de gebeurtenissen met Banoe Qaynoeqa’ en Banoe Nadir, en omdat ze de macht van de moslims vreesden bleven ze een beetje op de achtergrond. Ze veranderden hun positie echter al snel toen ze luisterden naar Hoeyayy ibn Akhtab en ze werden overtuigd om de kant te kiezen van de ahzaab (bondgenoten) die waren gekomen om de moslims af te slachten tijdens de slag van de geul. Ze overtraden hun verdrag toen ze zich voorbereidden voor de uitroeiing van de moslims. Weer bewezen ze hun kwaadaardigheid en verraderlijkheid bij een convenant. Op het moment dat de Boodschapper van Allah (saw) zich had ontdaan van de dreiging van de bondgenoten, keerde hij (saw) naar Banoe Qoerayda en belegerde hen voor 25 nachten. De joden wilden hun forten niet verlaten dus kregen ze een pijnlijke druk op zich. Allah (swt) vulde hun harten met angst.
Uiteindelijk zonden ze iemand naar de Boodschapper van Allah (saw) zeggende: “Zend ons Aboe Loebaba zodat we hem kunnen raadplegen.” Aboe Loebaba was van de stam van de 'Aws, hun vroegere bondgenoten. Toen ze hem zagen stonden ze op om hem te ontmoeten. De vrouwen en kinderen kwamen huilend naar hem toe en hij kreeg medelijden met ze. Ze zeiden: “O Aboe Loebaba, denk je dat we ons zouden moeten onderwerpen aan Moehammad zijn oordeel?” Hij antwoordde: “Ja,” en wees met zijn hand naar zijn keel, wat betekende dat ze zouden worden gedood als ze niet instemden. Daarna verliet hij hen. Ka’ab ibn Asad opperde een aantal suggesties welke ze weigerden en hij zei tot hen: “Jullie hebben geen andere keus behalve je te onderwerpen aan Moehammad zijn oordeel.” De joden zonden het bericht aan de Boodschapper van Allah (saw) dat ze toestemming wensten om te vertrekken naar Adhra’at zonder hun bezittingen. Hij (saw) weigerde dit en stond erop dat ze het oordeel moesten confronteren.
In het licht hiervan vroegen ze hun voormalige bondgenoot de 'Aws om te bemiddelen voor hen. De 'Aws kwamen naar de Boodschapper van Allah (saw) en hij zei tot hen: “Zouden jullie tevreden zijn Oh 'Aws, als een van jullie eigen een oordeel velt over hen?” Ze antwoordden: “Ja.” Waarop hij (saw) zei: “Zeg hen om te kiezen wie ze wensen.”
De joden kozen Sa’d ibn Moe’adh. Sa’d nam een eed af voor beide partijen dat ze zijn oordeel zouden accepteren. Na dit gedaan te hebben, beval Sa’d dat Banoe Qoeraydah naar buiten moest komen en hun wapens neer te leggen, wat ze vervolgens deden. Daarna sprak hij het oordeel uit dat de mannen gedood zouden moeten worden, hun bezittingen verdeeld en hun vrouwen en kinderen genomen als gevangenen. Toen de Boodschapper van Allah (saw) dit hoorde riep hij uit: “Bij Hem in Wiens hand de ziel van Moehammad is, Allah en de moslims keuren jouw uitspraak goed en op mijn beurt zal ik het uitvoeren.” De Boodschapper van Allah (saw) ging naar de markt in Medina en beval dat er graven gegraven moesten worden. De joden werden in groepen gezonden, hun nekken werden eraf geslagen en hun lichamen werden daar begraven. Hij (saw) verdeelde de bezittingen van de joden, hun vrouwen en kinderen onder de moslims, en nam een vijfde deel voor zichzelf. Hij (saw) bewaarde wat van de buit en gaf het aan Sa’d ibn Zayd al Ansaari om naar Nadjd te gaan en paarden en wapens te kopen om het arsenaal van het leger van de moslims te versterken.
Banoe Qoeraydah was dus uitgestorven. Andere joodse stammen waren zich echter ergens dichtbij nog steeds aan het schuilhouden. De meest sterke van dezen waren die van Khaybar en ze wezen een voorstel om een verdrag met de Boodschapper van Allah (saw) te tekenen af. De joden van Khaybar hadden samengezworen met de Qoeraisj tegen de moslims bij het verdrag van al Hoedaybiya. Hun aanwezigheid bleef een constante dreiging voor de Islamitische Staat. Op het moment dat de Boodschapper van Allah (saw) het verdrag van al Hoedaybiya had gerealiseerd, beval hij (saw) zijn leger om zich voor te bereiden op de verovering van Khaybar. De moslims gingen erop uit met 1.700 moedjahidien waarvan 100 rijdend op paarden, verzekerd van Allah’s overwinning. Ze gingen naar Khaybar en stonden buiten het fort klaar om het te bestormen. Binnen het fort waren de joden onder elkaar aan het beraadslagen, Salam ibn Maskham suggereerde dat zij hun families en eigendommen zouden laten onderduiken in de forten van al Watih en al Salalim en hun ammunitie op te slaan in het fort van Na’im. De joodse strijders groeven zichzelf toen in het fort van Natat met Salam ibn Mashkam die hen aldaar ophitste.
De twee partijen kwamen elkaar vlakbij het fort van Natat tegen en vochten een hevige strijd. Er werd overgeleverd dat vijftig moslim strijders die dag gewond raakten. Aan joodse kant werd Salam ibn Mashkam gedood en al Harith ibn Abi Zaynab moest het bevel overnemen. Hij waagde zich stoutmoedig uit het fort van Na’im om de moslims uit te dagen, maar de Khazraj drongen hem terug naar binnen.
De moslims intensiveerden hun belegering van Khaybar en de joden verzetten zich met alle macht. Dagen gingen voorbij en de Boodschapper van Allah (saw) stuurde Aboe Bakr om het fort van Na’im te bestormen. Hij vocht hard en keerde met lege handen terug. De volgende dag stuurde hij (saw) ‘Oemar en hij keerde ook zonder winst terug. Uiteindelijk riep de Boodschapper van Allah (saw) ‘Ali en zei tegen hem: “Neem deze vlag en ga ermee voort totdat Allah jou de overwinning schenkt.” ‘Ali vertrok met de vlag en toen hij het fort naderde kwamen er mensen naar buiten en vochten met hem. Een jood raakte hem zodanig dat zijn schild van zijn hand viel. ‘Ali hield een deur vast bij het fort en gebruikte het als schild. Hij hield het in zijn hand totdat hij het fort bestormde. Toen gebruikte hij de deur als een noodbrug, waarmee de rest van de moslims het bolwerk binnentraden.
Toen het fort van Na’im overwonnen was, keerden de moslims zich tot de andere forten en gingen door met hen één voor één te bestormen totdat ze de laatste twee forten van al-Watih en al-Salalim bereikten. In deze omstandigheden raakten de Joden wanhopig en gaven zich over. Zij zochten naar vrede opdat de Boodschapper van Allah (saw) hun levens zou sparen. Allah’s Boodschapper (saw) stemde toe en stond hen toe om in hun land te blijven welke een eigendom werd van de moslims na hun verovering, op voorwaarde dat zij de helft van hun fruit en vee zouden geven in ruil voor hun vrijheid. Khaybar stond het toen af. De joden van Fadak hoorden over Khaybar’s nederlaag en zij vreesden voor hun leven, dus zochten zij vrede in ruil voor de helft van hun bezittingen. De Boodschapper van Allah (saw) bereidde zich voor om terug te keren naar Medina via Wadi al-Qoera. Op zijn (saw) weg gingen de joden van Tayma akkoord met het betalen van de djizja zonder een gevecht.
Dit markeerde het einde van enig joods autoriteit binnen het Arabisch Schiereiland. Aldus bereikte de Boodschapper van Allah (saw) stabiliteit in zijn thuisbasis door zijn (saw) autoriteit te verspreiden over het gehele Arabisch Schiereiland.
